تعتبر الكوليرا عمومًا من الأمراض النموذجية التي تنتقل عن طريق المياه والأمراض البيئية. في أفريقيا، الدراسات المتاحة نادرة، وأهمية هذا النموذج المرضي أمر مشكوك فيه. تم الإبلاغ عن تفشي الكوليرا بشكل متكرر بعيدًا عن السواحل: في الفترة من عام 2009 حتى عام 2011، حدثت ثلاثة أرباع جميع حالات الكوليرا في أفريقيا في المناطق الداخلية. وتتأثر مثل هذه الفاشيات إما بهطول الأمطار والفيضانات اللاحقة أو بالإجهاد الناجم عن الجفاف والمياه.
كما لوحظ تزامنها مع الأحداث المناخية العالمية. وفي البحيرات والأنهار، تم استحضار الخزانات المائية لبكتيريا Vibrio cholerae. ومع ذلك، لم يتم تحديد دور هذه الخزانات في وبائيات الكوليرا. بدءًا من المناطق الداخلية الموبوءة بالكوليرا، تفجّرت الأوبئة وانتشرت إلى بيئات مختلفة، بما في ذلك الأحياء الفقيرة المزدحمة ومخيمات اللاجئين. ويشكل النزوح البشري عاملا رئيسيا في هذا الانتشار.
