لقد أجرينا دراسة نوعية لاستكشاف العوائق والعوامل التمكينية للدراسة الأترابية لكوفيد-19 التي أجريت في جنوب السودان وشرق جمهورية الكونغو الديمقراطية، لإرشاد الأبحاث المستقبلية حول كوفيد-19 والأمراض المعدية في الأوضاع الإنسانية. استخدمنا تصميم دراسة الحالة المضمنة في دراسة الأتراب المحتملين الأصلية. تشير النتائج إلى أن معظم التحديات التي تؤثر على الدراسة الأترابية لم تكن خاصة بأبحاث كوفيد-19 ولكنها كانت سمة من سمات أبحاث الأمراض المعدية السابقة التي تم إجراؤها في حالات الطوارئ المعقدة. ومع ذلك، فقد أدى الوباء إلى تفاقم بعض المشاكل. كما تم تحديد العوامل الميسرة. يفرض التأثير العالمي لكوفيد-19، ومكانته العامة البارزة، وسياسات الوباء المحددة، تحديات تشغيلية إضافية للبحث في البيئات الإنسانية المعقدة بالفعل. يمكن للدراسات المستقبلية أن تخطط لتدابير التخفيف التي تشمل المرونة في التوظيف والميزانيات، واستراتيجيات لتوسيع الاختبار، والشراكات المبكرة مع المنظمات المحلية والسلطات الصحية.