La réponse du Conseil de sécurité de l'ONU à Ebola en 2014 a légitimé les réponses militarisées. Cela a également influencé les réponses à la COVID-19 dans certains pays africains. Pourtant, on sait peu de choses sur les conséquences quotidiennes pour les citoyens ordinaires de la mobilisation des armées pour contrôler l’épidémie. S'appuyant sur 18 mois de recherche ethnographique, cet article analyse les réponses militarisées au COVID-19 pendant et après deux confinements sur des sites contrastés en Ouganda : une petite ville du district de Pakwach et un village du district de Kasese. Les deux sites se trouvent à proximité de la frontière de la République démocratique du Congo. Même si les pratiques de sécurité sanitaire varient selon les sites, la réponse militarisée a eu plus d’impact que la maladie dans ces deux endroits. Les forces armées ont réduit les déplacements des agglomérations urbaines vers les zones rurales et périurbaines ; tout en permettant simultanément aux autorités publiques officielles locales d'utiliser les priorités proclamées par le gouvernement du président Museveni pour renforcer leur position et leur pouvoir. Cela a conduit à une situation dans laquelle les habitants ont créé de nouveaux modes de mutualité pour résister ou renverser les réglementations en vigueur, y compris la mise en place de nouvelles formes de mouvements transfrontaliers. Ces résultats remettent en question l’opinion largement répandue selon laquelle la réponse de l’Ouganda à la COVID-19 a été couronnée de succès. Dans l’ensemble, on avance que la sécurisation actuelle de la santé mondiale a contribué à créer l’espace politique nécessaire à la militarisation de la réponse. Même si cette situation a eu des effets inconnus sur la prévalence de la COVID-19, elle a enraciné des modes d’autorité publique irresponsables et créé un sentiment accru d’insécurité sur le terrain. La tendance à cautionner la pratique violente des programmes de santé publique militarisés par les acteurs internationaux et nationaux reflète un changement plus large dans l’acceptation de formes de gouvernance plus autoritaires.