Les guerres civiles dans la région des Grands Lacs ont entraîné des déplacements massifs de population vers les pays voisins, dont l'Ouganda. Face aux épidémies de maladies associées à ce conflit, un système de surveillance des maladies a été mis en place dans le but de détecter en temps opportun les maladies et de réagir rapidement aux épidémies. Nous décrivons l'évaluation et les enseignements tirés du système de surveillance de la santé publique mis en place dans les camps de réfugiés en Ouganda (Bidibidi, Adjumani, Kiryandongo et Rhino Camp). Nous avons constaté qu'il était fonctionnel et présentait de nombreux attributs performants, mais qu'il restait de nombreuses lacunes. Des améliorations sont nécessaires pour aligner les systèmes de surveillance dans les camps de réfugiés sur le système de surveillance général du pays.