La trypanosomiase humaine africaine (THA), ou maladie du sommeil, est une maladie tropicale négligée mortelle si elle n'est pas traitée. La THA touche principalement les personnes vivant dans les zones rurales d’Afrique subsaharienne, souvent dans des régions touchées par de violents conflits. Le dépistage et le traitement de la THA sont complexes et gourmands en ressources, et particulièrement difficiles dans des contextes d'insécurité et de ressources limitées. Le pays où l'endémicité de la THA est la plus élevée est la République démocratique du Congo (RDC), qui compte un certain nombre de foyers de forte prévalence de la maladie. Nous présentons ici les défis liés à la mise en œuvre des programmes de contrôle de la THA en général et dans une région touchée par un conflit en RDC. Nous discutons des difficultés liées à la mesure de la charge de morbidité, de la complexité des soins médicaux, de la diminution du soutien international et des obstacles à la recherche et au développement pour la THA.