La coordination entre les domaines politiques et les agences gouvernementales est considérée comme essentielle pour relever des défis complexes tels que les inégalités, l’urbanisation et le changement climatique. Cependant, les facteurs qui influencent la coordination entre les entités gouvernementales dans les pays à faible revenu et à revenu intermédiaire ne sont pas bien connus et les études théoriques sur les politiques et les systèmes de santé sont limitées. Cet article examine les facteurs influençant la coordination entre les entités gouvernementales au niveau du gouvernement central en Ouganda. Nos résultats suggèrent que parvenir à une coordination intragouvernementale nécessite plus de temps et de ressources pour guider les aspects logiciels du changement institutionnel, articulant ainsi une vision partagée de la coordination au sein du gouvernement. Il est essentiel de concevoir des incitations pour aligner les intérêts, gérer les coûts de coordination et naviguer dans les contextes historiques et institutionnels. Les actions politiques compensatoires et les dynamiques de pouvoir doivent être gérées judicieusement.