Nous avons mené une étude qualitative pour explorer les obstacles et les catalyseurs d'une étude de cohorte sur le COVID-19 menée au Soudan du Sud et dans l'est de la République démocratique du Congo, afin d'éclairer les recherches futures sur le COVID-19 et les maladies infectieuses dans les contextes humanitaires. Nous avons utilisé un modèle d'étude de cas intégré à l'étude de cohorte prospective originale. Les résultats suggèrent que la plupart des défis affectant l’étude de cohorte n’étaient pas spécifiques à la recherche sur le COVID-19, mais étaient une caractéristique des recherches antérieures sur les maladies infectieuses menées dans des situations d’urgence complexes. Toutefois, la pandémie a exacerbé certains problèmes. Des facteurs facilitateurs ont également été identifiés. L’impact mondial du COVID-19, sa grande visibilité auprès du public et les politiques spécifiques en matière de pandémie posent de nouveaux défis opérationnels pour la recherche dans des contextes humanitaires déjà complexes. De futures études pourraient planifier des mesures d'atténuation comprenant une flexibilité du personnel et des budgets, des stratégies pour étendre les tests et des partenariats précoces avec les organisations locales et les autorités sanitaires.